“2016中国最好大学排名”综合排名中有310所高校上榜，清华大学、北京大学、浙江大学、上海交通大学、复旦大学雄踞前五，成为中国高校金字塔尖端上的殿堂级学府。5-10名分别是南京大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、华中科技大学、中山大学。综合排名百强高校在地域分布上存在不均衡，北京高校最多，有18所，其次是江苏省，有16所。河南、江西等省份依旧没有高校进入百强。排名前列的大多是部属、央属高校，但也有个别地方高校表现抢眼，苏州大学由2015年的34名升至今年的26名，上海大学位列第46名，成为前50名中仅有的两所地方高校。
中国最好大学排名从指标评价内容的重要性和指标本身的适切性角度出发精选了9项指标构建指标体系。其中人才培养方面2项，即反映生源质量和人才培养声誉的“新生高考成绩”、反映培养结果的“毕业生就业率”;科学研究方面4项，分别是体现科研规模的“论文数量”、体现科研质量的“论文质量”、体现顶尖成果的“高被引论文”、体现顶尖人才的“高被引学者”;服务社会方面3项，包括测量科技服务贡献的“企业科研经费”、测量产学研合作的“校企合作论文”、测量成果转化效益的“技术转让收入”。排名负责人程莹博士指出，”中国最好大学排名指标选择的导向是反映学生、雇主、学者、企业等大学服务对象对大学的‘集体判断’，充分体现了排名作为第三方市场评价的独特价值。“ 在综合排名以外，最好大学网还发布了所有指标的单项排名。“生源质量”指标排名显示，国内顶尖学生优先报考的依然是清华大学和北京大学，首年招生的中国科学院大学排名第3，其次是中国人民大学、南京大学、上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学、浙江大学和南开大学。前20名中也有中央财经大学、上海财经大学等财经类院校以及外交学院、北京外国语大学这些特色大学。新成立的地方高校上海科技大学首年招生，生源质量就跃居第48名。民办大学中排名前列的都是中外合作办学的大学，其中上海纽约大学排名最高，位列第33名，香港中文大学(深圳)第39名，宁波诺丁汉大学、西交利物浦大学、温州肯恩大学、北京师范大学-香港浸会大学联合国际学院分别排在第101、第133、第200、第260位。
中国最好大学排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus，爱思唯尔集团科研解决方案内容与分析全球总监M'hamed Aisati先生指出，“中国在科研产出和科研影响力方面持续增长，爱思唯尔旗下的Scopus数据库和Scival分析工具可以全方位评价高校的科研表现，我们将中国高校的有关数据提供给在大学排名领域具有国际影响力的上海软科来开发‘中国最好大学排名’，希望排名结果对中国高校实施战略管理和制定科研政策产生积极贡献。”“科研规模”指标排名中，最近5年被收录论文最多的五所大学依次为浙江大学、上海交通大学、清华大学、北京大学和四川大学;“科研质量”指标排名显示标准化论文影响力高于世界平均水准的中国大学有55所，排名第一的是中国科学技术大学;“高被引论文”指标排名中，清华大学、北京大学依然位居前两名，浙江大学、上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学、南京大学、华中科技大学、哈尔滨工业大学、中山大学分别位列3-10名;“高被引学者”指标排名中，清华大学以109人位居中国大学榜首，北京大学、浙江大学、上海交通大学和复旦大学均拥有50位以上的高被引学者，分列第2至5名。
中国最好大学排名包括了对高校服务经济发展的能力和效果的评价。“企业科研经费”指标排名中，排名最高的是哈尔滨工业大学，年度企业科研经费达14亿元，天津大学以13.6亿元紧随其后，清华大学、北京航空航天大学、四川大学都纷纷跨入了10亿的大门。“校企合作论文”指标排名显示，中国石油大学(北京)以1459篇名列中国大学第一，清华大学以1187篇紧紧跟随，上海交通大学、中国地质大学、浙江大学分别位列第3到第5名。“技术转让收入”指标排名显示，技术转让收入最多的是清华大学，为5.9亿元，第2名合肥工业大学为2.5亿元，东南大学、上海交通大学分别排在第3、第4名，福州大学今年首次进入该榜，就以0.83亿排第5名。
上海交通大学高等教育研究院院长刘念才教授认为，“中国最好大学排名和大多数排名相比的一个显著优势是公布了排名的原始数据，使得排名完全透明，体现了排名团队对排名结果负责、主动接受外界检验的严谨态度，也提高了排名结果的参考价值，值得称赞。“